La Junta Rectora o consejo de administración es  uno de los tres órganos del Gobierno del Consejo de la Reserva de Biosfera. Asume el gobierno y la gestión superior del Consejo de la Reserva de Biosfera.

Está formada por los siguientes miembros que tienen derecho a voz y voto:

1. Siete Consejeros del Cabildo de Lanzarote, el Presidente y seis Consejeros más. Todos los grupos políticos del Cabildo tendrán representación proporcional al número de Consejeros que tengan en el Pleno…
2. Los siete Alcaldes, o Concejales en quienes deleguen, de los Ayuntamientos de Lanzarote.
3. Dos representantes del Gobierno de Canarias.
4. Dos representantes del Gobierno Central, uno del Ministerio de Medio Ambiente y otro de la Dirección Insular de la Administración del Estado.
5. Un representante de las Asociaciones Ecologistas.
6. Un representante de la Fundación César Manrique.
7. Un representante de las Asociaciones de  Agricultores.
8. Un representante de las Asociaciones de Empresarios Turísticos.
9. Un representante de las Asociaciones Empresarios Pesqueros.
10. Un representante de los Sindicatos.
11. Un representante del Comité Nacional del Programa Hombre y Biosfera de la UNESCO.
12. Un representante de la Universidad de Las Palmas.
13. Un representante de la Universidad de La Laguna.
14. Un representante de las Asociaciones  Vecinales.
15. Un representante de los Colegios Profesionales.
16. Un representante de los empresarios no considerados en los apartados g,h y i.
17. Un representante de una ONG.
18. Un representante colectivos inmigrantes.
19. Un representante del sector hotelero.

Son atribuciones de la Junta Rectora las siguientes:

1. Determinar las líneas generales de actuación del Consejo de la Reserva de la Biosfera de acuerdo con las directrices y acuerdos adoptados en su seno.
2. Aprobar la propuesta de sección presupuestaria propia, que forma parte del presupuesto único del Cabildo Insular, y enviarla al Pleno para su aprobación definitiva.
3. Aprobar la Memoria que ha de presentar el Director-Gerente, remitiéndola con posterioridad al Pleno del Cabildo Insular.
4. Proponer la modificación de los presentes Estatutos.
5. Aprobar los reglamentos de ejecución de estos  Estatutos.
6. Proponer el nombramiento del Director-Gerente y su separación.
7. Someter, en su caso, a la aprobación del Pleno del Cabildo Insular la plantilla de personal y el régimen para su nombramiento y retribución.
8. Ejercer todo tipo de acciones, ejecuciones, recursos, y reclamaciones administrativas en defensa de los derechos e intereses del Consejo de la Reserva.
9. Adoptar las medidas adecuadas para la mejor organización y funcionamiento del Consejo de la Reserva.
10. Impartir instrucciones a otros órganos del Consejo de la Reserva.